Sposób leczenia zależy od stanu miejscowego, stanu ogólnego chorego, obecności chorób towarzyszących, preferencji chorego oraz umiejętności i możliwości lekarza.

Ropnie lokalizują się zwykle bocznie i dogłowowo w stosunku do zakażonej zatoki włosowej, a ich nacięcie i drenaż można wykonać w warunkach ambulatoryjnych, w znieczuleniu miejscowym. Nacięcie wykonuje się poza linią pośrodkową (rany w szczelinie międzypośladkowej goją się powoli i źle), włosy znajdujące się w jamie ropnia należy usunąć, a jamę dokładnie wyłyżeczkować i wypłukać. Po zabiegu należy codziennie myć ranę, a otaczające włosy golić co 2 tygodnie przez co najmniej 3 miesiące po zagojeniu się rany. Postępowanie takie umożliwia wyleczenie zatoki włosowej w 60?76% przypadków.Dobre wyniki daje leczenie zachowawcze za pomocą ozonoterapii, która utrudnia rozwój bakterii beztlenowych, zwykle znajdujących dobre warunki rozwoju w szczelinie międzypośladkowej. Niektórzy autorzy z powodzeniem stosują krioterapię, usuwając przy użyciu odpowiedniego krioaplikatora zawartość torbieli włosowej.Leczenie przewlekłej nawracającej torbieli włosowej obejmuje wiele możliwości: oszczędne wycięcie, wstrzyknięcie fenolu, nacięcie i marsupializację lub rozległe miejscowe wycięcie.

Wycięcie oszczędne
Oszczędne wycięcie pośrodkowo położonych zagłębień polega na usunięciu zmian i dokładnym oczyszczeniu jamy z włosów i martwiczych tkanek przy użyciu cienkiej szczoteczki. Współczynnik wyleczeń uzyskiwanych po zastosowaniu tej metody wynosi 85%, a jako jej zalety wymienia się małe rozmiary rany, możliwość wykonania zabiegu w warunkach ambulatoryjnych, brak konieczności częstych zmian opatrunku oraz szybkie gojenie się rany (zwykle w ciągu 3 tygodni). Ten sposób postępowania jest leczeniem z wyboru w przypadku przewlekłych niepowikłanych torbieli oraz niektórych nawrotowych torbieli zatok włosowych.