diagnostyka róznicowa:

• różnicowanie z innymi chorobami jelita: infekcyjnymi, niedokrwiennymi, indukowanymi przez leki, rzekomobłoniaste zapalenie jelita grubego po przedłużonym stosowaniu klindamycyny.
• inne choroby idiomatyczne, wrzodziejace zapalenie jelita grubego, zespoły upośledzonego wchłaniania - celiakia,
• zespół jelita drażliwego - IBS

biegunkowe stolce:

• diagnostyka bakteriologiczna na obecność patogenów jelitowych (pasożyty, bakterie, Clostridium difficile)
• test na obecność leukocytów w kale

badania immunologiczne; wspólny panel badań dla nieswoistych chorób zapalnych jelita:

• p/ciała przeciw antygenom oligosacharydowym otoczki drożdzy - Sacharomyces Cerevisiae ASCA  występują u 50 - 70% pacjentów z choroba Leśniowskiego-Crohna
• p/ciała przeciw części zewnątrzwydzielniczej trzustki PAB (pancreas exocrine cells) ? obecne w ChLC
• ANCA (p/ciała przeciwko cytoplazmie neutrofilów)  spotykane u ponad 70% chorych na wrzodziejące zaplenie jelita grubego (CU)
• p/ciał przeciw komórkom kubkowym jelita GAB (goblet cells)  występujące u chorujących na CU
• nowa grupa antygenów bakteryjnych w chorobie Leśniowskiego-Crohna:
• antygen Omp C (Escherichia coli outer membran porin C - p/ciała przeciwko zewnątrzbłonowemu białku tworzącemu kanały dyfuzyjne bakterii Escherichia coli) - występują u prawie 40% chorych, pojawiają się one zdecydowanie częściej u pacjentów, u których nie stwierdza się p/ciał ASA, u 50% pacjentów z wysokim mianem anty/OmpC częściej spotyka się postać choroby z przetokami wewnętrznymi jelita cienkiego
• białko I-2 (Pseudomonas fluorescens associated bacterial protein) - u ponad 60% pacjentów z wysokim mianem p/ciał anty I-2 występuje częściej postać ze zwężeniami w świetle jelita cienkiego
• flagelina
• antygeny bakteryjne z rodziny Bacterioides i Mycobacterium

badania obrazowe:

• badanie z podwójnym kontrastem: baryt + powietrze
• badanie kontrastowe jelita cienkiego  pasaż z wodnym środkiem cieniującym, enterokliza,
• w przypadkach przebiegających bez zwężeń możliwość wykonania badania obrazowego przy użyciu minikamery (kapsułka)
• kolonoskopia z wziernikowaniem poprzez zastawkę Bauchina wraz z pobraniem wycinków błony śluzowej końcowego odcinka jelita cienkiego, również określenie rozległości zmian w przypadku zajęcia jelita grubego i odbytnicy, wykonanie badania histopatologicznego celem różnicowania z colitis ulcerosa oraz wczesne wykrywanie dysplazji i wczesnych postaci nowotworów jelita grubego (szczególnie u chorych chorych długim wywiadem choroby)
• gastroskopia: w postaciach choroby obejmujących zmianami zapalnymi górne odcinki przewodu pokarmowego wraz z testem na obecność H. Pylori (celem różnicowania zmian charakterystycznych dla choroby wrzodowej), częste współistnienie wraz ze zmianami w zakresie jelita cienkiego i grubego
• scyntygrafia z użyciem znakowanych leukocytów  lokalizacja miejsca stanu zapalnego, różnicowanie z innymi niezapalnymi chorobami jelita.
• transanalna ultrasonografia  lokalizacja przetok oraz ropni okołoodbytniczych (podanie perhydrolu H2O2).
• fistulografia
• TK spiralne, MRI dokładna lokalizacja ropni, przetok określenie ich topografii i łączności/komunikacji z narządami sąsiednimi.